Birkaç ay geçmişti X-Men, Magneto'yu mağlup edip görünüşte savunulamaz bir plastik odada hapis ettiği olaydan sonrası... Bir gün, Nightcrawler adında bir mutant Beyaz Saray'a sızar ve Başkan'ı suikast girişiminde bulunur, bu da hükümetin anti-mutant önlemlerinin bir zincir reaksiyonunu tetikler. Aynı zamanda Logan, geçmişini keşfetmeye çalışıyor. Bilim adamı William Stryker, Profesör X'in gizli okulunu ve Cerebro'yu keşfederken, Magneto'nun ortağı Mystique, liderini hapisten kurtarmak için planlar yapmaktadır. Ancak Profesör X'in okulu Stryker'ın güçleri tarafından saldırıya uğradığında, Logan, Rogue, Iceman ve birkaç şanslı kişi kaçmayı başarır.