Uzayın derinliklerindeki bilinmezliklerle dolu bir yolculuk sonrası, başarılı arkeolog Doktor Elizabeth Shaw ve ortağı Charlie Holloway, 749. yılda, "Mühendisler" adı verilen gizemli uzaylı bir türün varlığını araştırmak amacıyla cesur bir derin uzay bilimsel keşfe adım atarlar. Bu devrim niteliğindeki uzay keşif gemisi USCSS Prometheus, LV-223 adındaki ıssız bir exo-ayın kayalık yüzeyine iniş yapar. Ancak, bu yeni dünyada, karanlık odalardan oluşan gizemli bir kompleks yapının yanı sıra karmaşık bir yeraltı tünel sistemi gibi daha fazla sır onları beklemektedir. Şimdi, bu korkunç keşif sadece cesur uzay misyonunun sonucunu değil, aynı zamanda insanlığın geleceğini de tehdit etmektedir.