Odo Adası yakınlarında bir dizi yıkıcı patlama ve ardından on yedi geminin batmasının ardından, Profesör Kyohei Yamane, kızı Emiko Yamane ve deniz biyoloğu Hideto Ogata ile birlikte, olayın ardındaki gizemleri çözmek için adaya bir yolculuğa çıkıyor. Yolculuklarının onları şaşırtıcı bir karşılaşmaya sürükleyeceğini pek bilmiyorlar. Odo Adası'na vardıklarında üçlü, yerel folklorda yer alan bir isim olan Gojira olarak bilinen devasa bir yaratıktan bahseden adanın sakinleri tarafından karşılanır. Bu esrarengiz canavarın yarattığı büyük yıkıma tanık olduklarında şüpheleri kısa sürede dağılır. Bu arada Emiko, derinden korunan bir sır saklayan erkek arkadaşı, münzevi bilim adamı Dr. Serizawa ile yeniden bağlantı kurar.
