Bir kitap uyarlaması olan bu filmde 1868'de birçok geminin gizemli bir şekilde okyanusta batması üzerine olanları araştırmak isteyen bir grup denizcinin başından geçen heyecan verici olaylar anlatılmaktadır. Söylentiye göre bu saldırılar dev bir deniz canlısı tarafından gerçekleştirildi. Olayın kökenini araştırmak için gönderilen askeri gemi de aynı akıbete uğradı ve gemide bulunan Danışman'ın yardımcısı Profesör Pierre Arronax ve denizci Ned Land, bir gemi tarafından kurtarıldı. Nautilus adlı bu yüksek teknolojili aracın garip kaptanı Nemo, onları karşılar ve görevi hakkında onlara bazı bilgiler verir ardından ise olaylar gelişir.
